Lee đã kết hôn và có một con trai.[8] Vợ của ông năm 1989 đã sử dụng một địa chỉ giả để được cử về làm giáo viên tại một ngôi trường ở Seoul, sai lầm này của bà đã gây trở ngại cho ông khi Đảng Hàn Quốc Tự do đối lập chính đã không chịu tham gia bỏ phiếu bầu ông làm Thủ tướng vì cho rằng ông Lee không phù hợp với vị trí quan trọng.[13]

Bản quán của Lee Nak-yeon thuộc gia tộc Lý Toàn Châu (全州 李氏), điều này làm cho ông trở thành một phần của Hoàng tộc họ Lý. Ông cũng là con cháu đời thứ 22 của Yi Won-Gye (1330 - 23 tháng 10 năm 1388), người anh trai nhiều tuổi hơn cùng cha khác mẹ của Triều Tiên Thái Tổ, người đã sáng lập nên nhà Triều Tiên.